Valverde ellen még az olasz olimpiai bizottság (CONI) indított eljárást 2009 elején, majd tiltotta el az olasz földön való versenyzéstől az Operación Puerto botrány nyomozati anyagából származó minták, és Valverde doppingellenőrzés során adott mintája egyezése miatt.
Hosszú pereskedés után a nemzetközi szövetség (UCI) nemzetközi szintre is kiterjesztette az eltiltást (2010. január 1-től 2012. január 1-ig). A büntetést több, már-már követhetetlen oda-vissza fellebbezés (Valverde – UCI – CONI – WADA) után a lausanne-i sport döntőbíróság is megerősítette, ezután utolsó esélyként a spanyol Vuelta-győztes a sport döntőbíróság hitelét kérdőjelezte meg a svájci bíróságon, de itt sem járt sikerrel, az ügynek vége.
Valverdének mindezek ellenére továbbra is bizalmat szavaz csapata és csapatvezetője, Eusebio Unzúe, így 2012-ben valószínűleg a Caisse D’Epargne utódjában, a Team Movistarban tér vissza.